La sua opera più nota è il Philosophiae Naturalis Principia Mathematica, pubblicato per la prima volta nel 1687. Scritta in un latino semplice e di immediata comprensione, ma non proprio ciceroniano, è un manuale che potrebbe essere adottato anche oggi per lo studio della meccanica classica, non fosse che attualmente (e proprio grazie a Newton) si preferisce un maggior uso di formule che di descrizioni nello studio della fisica.
The Newton Project pubblica on-line (in modalità testo) tutte le opere di Newton. Da qui apprendiamo che Newton non era solo uno scienziato, ma si occupava anche di filosofia, teologia e alchimia.
Alcune opere in versione scannerizzata:
- Philosophiae Naturalis Principia Mathematica (III ed.), Guil. and Joh. Innys, London 1726 (da Göttinger Digitalisierungszentrums)
- The mathematical principles of natural philosophy, vol. 1, Benjamin Motte, London 1729 (da Google Books)
- The mathematical principles of natural philosophy, vol. 2, Benjamin Motte, London 1729 (da Google Books)
- Opticks or a Treatise of the Reflections, Refractions, Inflections and Colours of Light (4th ed.), W. and J. Innys, London 1730 (da Google Books)
- The method of fluxions and infinite series: with its application to the geometry of curve-lines, Henry Woodfall, London 1736 (da Google Books)